HPV genital geralmente não apresenta sintomas, a menos que seja um tipo que causa verrugas genitais. As verrugas genitais podem aparecer dentro de semanas ou meses após o contato com um parceiro portador de HPV. É menos comum que as verrugas genitais apareçam anos após a exposição ao vírus. Geralmente, as verrugas são como uma pequena protuberância ou grupo de protuberâncias na região genital. Elas podem ser pequenas ou grandes, planas ou proeminentes, ou com aspecto de couve-flor. Se não tratadas, as verrugas genitais podem desaparecer, permanecem e não mudar ou aumentar em tamanho ou número. As verrugas raramente se transformam em câncer.

A maioria das pessoas nunca saberá que têm HPV devido a que não apresentam sintomas e porque seus próprios sistemas imunológicos inativam o vírus. Em cerca de 90% das pessoas, o sistema imunitário do corpo elimina a infecção de HPV em um período de 2 anos. Isto se aplica tanto para o tipo de alto risco quanto para o HPV de baixo risco. Algumas vezes, as infecções com HPV não são eliminadas. Isto pode provocar alterações celulares que, ao longo de muitos anos podem provocar câncer.