A única maneira de realmente prevenir que essas áreas sejam infectadas pelo HPV é evitar completamente o contato com as áreas do corpo que podem ser infectados com o HPV (tais como boca, ânus e órgãos genitais) com os de outra pessoa. Isto significa não ter relações sexuais vaginal, oral ou anal, mas também significa evitar o contato dessas áreas com a pele de outra pessoa.

Para os jovens ou pessoas que não começaram sua vida sexual ou que não tenham sido infectadas com o HPV, as três vacinas contra o vírus podem proteger contra alguns tipos de HPV.

Ter menos parceiros sexuais e evitar relações sexuais com pessoas que tiveram muitos parceiros ajuda a diminuir o risco de uma pessoa de contrair o HPV.

O uso do preservativo pode ajudar a prevenir o HPV, mas o vírus pode estar presente em áreas da pele que não são cobertas pelo preservativo. Além disso, o preservativo deve ser utilizado todo o tempo, desde o início até ao final da relação sexual. O vírus pode ser transmitido durante o contato sexual direto pele-a-pele antes do preservativo ser colocado. Além de que os preservativos masculinos não cobrem toda a área genital, especialmente a das mulheres. O preservativo feminino abrange mais a vulva, mas não tem sido estudado o suficiente para determinar sua capacidade para prevenir o HPV. No entanto, os preservativos são muito úteis na proteção de outras doenças que podem ser transmitidas através da atividade sexual.