Não existe nenhum tratamento para o próprio vírus. No obstante, a maioria das infecções por HPV desaparecem com a ajuda do sistema imunológico do corpo, geralmente no espaço de 2 anos. No entanto, as alterações celulares causadas pela infecção por HPV podem ser tratadas. Por exemplo, as verrugas genitais podem ser tratadas. Alterações celulares pré-cancerosas causadas pelo HPV podem ser encontradas mediante a realização de exames como de Papanicolaou e podem ser tratadas. Além disso, o câncer de colo do útero, de ânus e genital podem receber tratamento.